北交所与沪深交易所的核心差异在于市场定位、交易规则、投资者门槛以及服务对象的不同，这些区别共同构成了中国多层次资本市场的互补格局。北交所作为最年轻的全国性证券交易所，专注于服务创新型中小企业，特别是专精特新企业，而沪深交易所则更多面向成熟的大型企业和蓝筹股。这种差异化定位使得三者能够在不同发展阶段为企业提供融资支持，同时也为投资者提供了多样化的选择空间。
北交所采取了更为灵活的制度设计以适应中小企业的特点。最显著的区别体现在涨跌幅限制上，北交所个股日常涨跌幅为30%，远高于沪深主板10%的标准，且新股上市首日不设涨跌幅限制。交易单位方面，北交所允许100股起购并以1股递增，而沪深市场通常要求500股或1000股的整数倍交易。这种设计既增加了市场流动性，也为小额投资者提供了更多参与机会。北交所保留了新三板特色的分层转板机制，企业可以在基础层、创新层和北交所之间实现升降流动。
投资者门槛的差异是另一个重要分水岭。参与北交所交易需要满足50万元资产门槛和2年投资经验的要求，这远高于沪深主板的开户条件。这种安排构建以机构投资者为主的市场结构，与创新型中小企业高风险高收益的特性相匹配。沪深交易所散户占比高达97%，市场参与者结构截然不同。这种差异也延伸到了新股申购环节，北交所采用现金申购模式且不设市值要求，而沪深市场则实行市值配售制度。
北交所展现出对中小企业的特殊包容性。其最低市值要求仅为2亿元，且允许未盈利企业上市，这与沪深交易所动辄10亿元以上的门槛形成鲜明对比。上市流程上，北交所依托新三板层层递进的市场结构，创新层企业满足条件后可直接转板上市，大幅缩短了审核周期。这种制度设计有效降低了中小企业的上市成本，为处于成长期的企业提供了更早对接资本市场的机会。北交所与沪深交易所形成了良性互补关系。北交所聚焦更早、更小、更新的企业群体，填补了传统交易所服务空白；沪深交易所则继续发挥服务大中型企业的主渠道作用。这种错位发展不仅完善了中国资本市场层次，也为投资者提供了全生命周期的投资标的。北交所实行公司制运营，与沪深交易所的会员制有本质区别，这种制度创新为其市场化运作提供了更大空间。
