北交所交易佣金按照成交金额双向收取，监管设置上限为千分之三，市场主流默认佣金在万三，单笔交易佣金不足5元按照5元收取，佣金分为全佣与净佣两种模式，全佣包含交易所经手费等规费，净佣只代表券商自身收取部分，规费需要额外叠加计算。
很多投资者容易把佣金和交易所规费混为一谈，北交所的经手费属于交易所固定收取项目，并非券商佣金，目前普通股经手费为成交金额万1.25双向征收，这笔费用在净佣模式下会单独另外扣费，全佣模式则由券商承担，直接打包进佣金费率里面。普通投资者直接线上自助开通北交所权限，大多给到的是净佣万三的标准，也就是在万三佣金基础上，每一笔买卖还要再叠加万1.25的经手费，实际综合交易成本会明显高于显示的佣金数字，这也是不少短线交易者交易之后发现手续费高于预期的主要原因。对于币圈过来的跨界投资者，习惯了合约平台简单手续费模式，很容易忽略股票市场佣金、规费分开的规则，频繁短线交易的时候，累积的手续费会快速侵蚀账户收益。
北交所佣金可以和券商客户经理协商调整，资金体量不同，能够谈到的费率空间差距较大。普通中小资金账户，大多可以申请到全佣万2.5附近，50万以上的合格投资者账户，议价空间更大，部分可以申请到全佣万1.8至万2区间，但很难做到像沪深A股那样极低的费率，根源就在于北交所本身的经手费标准更高，券商可压缩的利润空间有限。这里需要特别留意，不管协商到什么费率，一定要在开通权限时确认清楚是全佣还是净佣，不要只看表面数字。举例来说，10万元成交一笔北交所股票，如果是净佣万三，单边佣金30元，再加经手费12.5元，单边合计手续费42.5元；如果是全佣万三，单边直接按30元计算，没有额外经手费，二者成本差异会随着交易次数不断放大。同时只要单笔交易核算出来佣金达不到5元门槛，统一按5元扣费，小金额零散交易时，这个最低收费会成为主要成本。
除了佣金体系之外，完整北交所交易成本还要区分其他固定项目，佣金本身不包含印花税，印花税仅在卖出股票的时候单向收取，当前标准为成交金额万分之五；过户费由登记结算机构双向收取，费率为成交金额万分之0.1。这两项费用不受券商佣金谈判影响，属于统一固定成本，无论在哪家券商开户都无法调低。很多跨界从币圈转来做北交所的交易者，喜欢做高频短线，高频场景下，佣金、经手费、印花税、过户费叠加在一起，交易成本会被持续放大，哪怕股价小幅波动，也需要足够的涨幅才可以覆盖全部交易手续费，这一点在制定交易策略的时候需要纳入考量。想要核对真实扣费情况，不要只看软件预估手续费，每笔成交之后查看交割单，交割单会把佣金、经手费、印花税、过户费逐项列示，能够直观分辨自己账户属于全佣还是净佣模式。
不少新手投资者还存在认知误区，误以为开通北交所权限之后佣金会自动沿用沪深账户的优惠费率，现实情况并非如此，很多券商沪深A股给到的低佣，并不会自动同步到北交所交易，即便已经是低佣沪深账户，开通北交所之后，依旧需要单独找客户经理申请北交所专属佣金调整，如果不主动申请，系统会直接套用默认较高费率。建议投资者开通北交所交易权限完成之后，先做一笔小额测试单，成交之后调出交割单核对全部扣费项目，确认费率和协商的标准保持一致，避免出现费率不对等而不自知，长期承担不必要的交易成本。北交所股票涨跌幅限制为30%，本身波动幅度大，再叠加交易手续费因素，不管是短线博弈还是中长期持仓，都要把综合交易成本纳入整体的盈亏测算之中。
